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    細胞系培養&STR鑒定服務


    一、實驗原理

    短串聯重復(Short tandem repeats, STR),又稱微衛星DNA(Microsatellite DNA)或簡單重復序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR),是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復序列。有絲分裂過程中DNA鏈之間的錯配引起的復制滑動被認為是導致STR產生的較為常見原因,并且依據不同復制單元大小的不同以及不同物種之間,復制滑動發生的概率也不相同。

    STR是以核心序列(core repeat units)首尾相連多次重復形成。每個STR的核心序列結構相同,長度為2-6bp,但其重復單位數目和重復區域的長度不同,因此STR在不同種族、不同人群之間的分布具有差異性,構成了STR遺傳多態性。不同個體之間在一個同源STR位點的重復次數也不同,因而同指紋識別一樣,STR位點分析也可對個體進行身份識別。通過識別個體基因組在特定位點的特定序列重復,即可創建其基因檔案?;诖?,STR分析法已經成為一種重要的鑒定分析方法,應用于法醫學、親子鑒定及細胞鑒定等領域。


    二、應用簡介

    細胞系因其具有無限傳代增殖、體外培養、培養條件簡單等原因,如今已被廣泛的應用于各類疾病的研究中。

    現在實驗室之間的細胞系共享很普遍,污染了的細胞系被反復使用,和用錯細胞系的實驗研究經常發生,而這種情況很有可能在一些實驗室持續數年或數十年。據統計國外實驗室約20%細胞系被交叉污染或錯誤辨識,因使用了交叉污染或錯誤辨識的細胞而導致研究結論錯誤、結果不可重復等嚴重后果,也浪費了研究者大量時間、精力和金錢。2011年美國國家標準學會專門頒布了一份細胞STR(ShortTandemRepeat,短串聯重復序列)鑒定標準。STR鑒定目前已被ICLAC、ATCC等權威機構作為金標準應用于細胞鑒定,越來越多的雜志要求在投稿時提供細胞STR分型數據。

    細胞STR鑒定主要應用于將人源細胞系用于研究和生產的用戶,包括但不限于以下領域:醫學,遺傳學,藥物開發,疫苗研制,生物技術和制藥行業,再生醫學,基礎科學,HIV的檢測和治療以及細胞生物學等領域。


    三、實驗方法 

     


    四、樣本送檢要求

    1. 細胞懸液(細胞數≥106 個)-提供細胞,請用PBS懸浮細胞離心后,去上清液,將細胞沉淀加冰袋運輸。

    2. 基因組DNA(≥20μL,濃度≥50ng/μL)-  提供DNA樣本時請加冰袋運輸;同時請注明DNA含量。

    3. 僅對ATCC和DSMZ數據庫現有STR圖譜數據的細胞系進行品系鑒定。

    4. STR鑒定樣本為均人源細胞,檢測21個基因位點。 


    五、案例展示

     

    一株細胞的STR鑒定圖譜


    六、常見問題

    1、細胞系用錯的概率有多大?

    據ATCC估計,1977年錯誤使用細胞的概率是16%,1999年是18%。根據我們的經驗,國內細胞系用錯的概率不低于20%。即如果一個研究所有二十個課題組,按概率估計,有4個課題組用的細胞是錯的。

    2、什么細胞最容易污染別的細胞?

    Hela細胞。五十多年來,Hela細胞系被廣泛用于醫學和生物學領域的研究,對當代生命科學的發展屢建奇功,是名副其實的生物學研究的親歷踐行者。同時很多被廣泛研究的細胞系都被Hela細胞淹沒,因為她長得快,當你發現自己的一個培養瓶里的細胞突然長得很好,而以后都用它傳代做實驗的話,十之八九是搞錯了。

    早在1967年,遺傳學家Stanley Gartler發現HEp-2和INT 407這兩種細胞系都是生物學領域研究最多的腫瘤細胞系——Hela細胞。

    3、有哪些細胞曾被Hela污染

    lnt-407、HEp-2、WISH(人羊膜細胞)、Acc-M(人原發性延腺癌細胞)、Bcap-37(人乳腺癌細胞)、HAC-84(人肺腺癌克?。?、Hepatoma(人肝癌細胞)、HUL-42(人肺腺癌細胞)、CNE(人鼻咽癌細胞)、SPC-A-1(人肺腺癌細胞)、Tca-8113(人舌鱗癌細胞)、YTMLC(個舊肺鱗癌細胞)等一百余種。

    4、如何知道細胞系是否發生交叉污染了

    如果存在細胞系之間發生交叉污染,而且鑒定用的細胞可能有兩種以上的細胞系時,那么在進行STR位點檢測的時候,多個位點會出現兩個以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號強度,理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關系。因此,存在交叉污染的混合細胞系中,其中一個位點中某些峰會明顯高于其他的峰,其中大峰是屬于混合細胞系中那個主要細胞系,而小峰則屬于那個次要細胞系。

    值得注意的是,當發生兩個或以上細胞混合的時候,檢測結果看起來非常像細胞系的“遺傳不穩定”——當一個細胞系存在亞群時,尤其是一些癌細胞系, 由于遺傳不穩定的存在,在一些位點的STR特性會不同。因此經驗豐富的分子專家是非常重要的,他能夠幫助分析復雜的電泳圖譜(STR峰圖),從而判斷是否由于發生細胞系交叉污染而導致多等位基因情況。

    5、如何根據STR數據判斷細胞系的身份

    收到細胞系鑒定結果以及STR信息,可以與參考數據庫進行比對。如果細胞樣本的每個STR位點和參考細胞STR位點都能重合匹配,即說明該細胞系正確,反之則說明你的細胞系可能被錯誤標記,交叉污染或發生遺傳不穩定。一般說來,匹配度≥80%即可認為該細胞系正確,匹配度<80%則說明該細胞系的來源需要被懷疑。

    如果細胞系被鑒定出發生交叉污染或錯誤標記,則需要拿更早代數的細胞進行鑒定,從而找到問題的起源或者直接從可靠的機構購買一株新的細胞系。

    6、如果細胞系沒有在數據庫中比對出結果怎么辦?

    如果已知數據庫中沒有找到你的細胞信息,你可以用自己的細胞遺傳信息建立自己的遺傳特性,以便后期進行自己細胞庫的比對。

    7、為什么報告內最終結論,會出現匹配不上任何已知數據情況?

    最大的可能性是因為這株細胞的標準序列并沒有收錄在國際的細胞庫之中,導致送檢樣本與任何的序列都不匹。出現這種情況大多數是因為該細胞系,可能是由國內課題組自主建系的。

    七、服務流程

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