一、 實驗原理
染色體免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于體內分析發展起來的方法，也稱結合位點分析法，在過去十年已經成為表觀遺傳信息研究的主要方法。這項技術幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾。ChIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。近年來，這種技術得到不斷的發展和完善。采用結合微陣列技術在染色體基因表達調控區域檢查染色體活性，是深入分析癌癥、心血管疾病以及中央神經系統紊亂等疾病的主要代謝通路的一種非常有效的工具。主要流程有：甲醛處理細胞-收集細胞，超聲破碎-加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復合物相互結合-加入ProteinA，結合抗體-靶蛋白-DNA復合物，并沉淀-對沉淀下來的復合物進行清洗，除去一些非特異性結合-洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復合物-解交聯，純化富集的DNA-片斷-PCR分析。
基本原理是在活細胞狀態下固定蛋白質－DNA復合物，并將其隨機切斷為一定長度范圍內的染色質小片段，然后通過免疫學方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，通過對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。
實驗方法原理：在保持組蛋白和DNA聯合的同時，通過運用對應于一個特定組蛋白標記的生物抗體，染色質被切成很小的片斷，并沉淀下來。IP是利用抗原蛋白質和抗體的特異性結合以及細菌蛋白質的“prorein A”特異性地結合到免疫球蛋白的FC片段的現象活用開發出來的方法。目前多用精制的prorein A預先結合固化在argarose的beads上，使之與含有抗原的溶液及抗體反應后，beads上的prorein A就能吸附抗原達到精制的目的。
二、應用簡介
核酸和蛋白質是組成生命的主要生物大分子，兩者的相互作用是構成生命活動的生長、繁殖、運動、遺傳和代謝等生命活動的基礎。研究蛋白質和核酸間的相互作用是人們探索生命現象奧秘的關鍵，ChIP檢測實驗是應用于蛋白與核酸互作關系的重要參考。
染色質免疫共沉淀可應用于：（1）組蛋白修飾酶的抗體作為“生物標記”；（2）轉錄調控分析；（3）藥物開發研究；（4）DNA損失與凋亡分析。
CHIP與其他方法的結合，擴大了其應用范圍：CHIP與基因芯片相結合建立的CHIP-on-chip方法已廣泛用于特定反式因子靶基因的高通量篩選；CHIP與體內足跡法相結合，用于尋找反式因子的體內結合位點；RNA-CHIP用于研究RNA在基因表達調控中的作用。由此可見，隨著CHIP的進一步完善，它必將會在基因表達調控研究中發揮越來越重要的作用。
三、實驗方法
甲醛處理細胞——收集細胞，超聲破碎——加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復合物相互結合——加入ProteinA，結合抗體-靶蛋白-DNA復合物，并沉淀——對沉淀下來的復合物進行清洗，除去一些非特異性結合——洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復合物——解交聯，純化富集的DNA-片斷——PCR分析。
四、樣本送檢要求
五、案例展示
六、常見問題
1、消化的染色質濃度過低。
2、染色質消化不足且片段過大（大于900 bp）。
3、樣品輸入對照組PCR反應中無產物或產物很少。
4、陽性對照組蛋白H3-IP RPL30 PCR反應中無產物。
5、陰性對照Rabbit IgG-IP和陽性對照Histone H3-IP PCR反應中產物的數量相等。
6、PCR分析：ChIP-chip技術對于大規模挖掘順式調控信息成績卓著，同時它可以用于胚胎干細胞和一些疾病如癌癥、心血管疾病和中央神經紊亂的發生的機制。研究人員還可以利用這項技術開發一些治療方法。目前ChIP-chip技術研究主要集中于兩個領域：及轉錄因子的結合和條件特異性；組蛋白的修飾，組蛋白修飾蛋白和染色體重建。ChIP-chip在描述轉錄結合因子動力學中的研究、染色體結構組分的分布、在組蛋白的修飾、組蛋白修飾蛋白和染色體重建中的應用也十分廣泛。ChIP-chip技術的優點是，可以在體內進行反應；在給定的檢驗細胞環境的模式下得到DNA相互關系的簡單影像；使用特異性修正抗體鑒定與包含有一個特異性后轉錄修正的蛋白質的相關位點；直接或者間接（通過蛋白質與蛋白質的相互作用）的鑒別基因組與蛋白質的相關位點。缺點是：需要一個特異性蛋白質抗體，有時難于獲得；為了獲得高豐度的結合片段，必須實驗演示胞內條件下靶標蛋白質的表達情況；調控蛋白質的基因的獲取可能需要限制在組織來源中?？傊?，ChIP-chip技術的發展為析活細胞或組織中DNA與蛋白質的相互關系提供了一個極為有力的工具。在未來的研究中，將對芯片的構建進行改進，提高其實用性。使用易于獲得抗體，增加這種方法的可用性。
七、服務流程
病理學檢測
分子生物學檢測
免疫學檢測服務
細胞實驗服務
動物實驗平臺
