一、實驗原理
Southern blot又稱凝膠電泳壓印雜交技術,該方法利用硝酸纖維膜或濾紙或尼龍膜等具有吸附DNA的功能,先將DNA片段作凝膠電泳,并將電泳后的DNA區帶吸附到膜上,然后直接在膜上進行同位素標記探針與被測DNA之間的雜交,最后通過放射自顯影對雜交結果進行檢測,以此探測一個DNA樣品中含有的特定DNA序列。
Southern雜交技術是由Edward?M.?Southern在1975年首先發明的用于檢測DNA的一種核酸雜交技術，并因此而得名。其原理是根據毛細管作用的原理，將在電泳凝膠中分離的DNA片段轉移并結合在適當的濾膜上，然后通過與標記的單鏈DNA或RNA探針的雜交作用，檢測這些被轉移的DNA片段。
主要步驟包括將基因組DNA進行限制性內切酶消化，瓊脂糖凝膠電泳分離，經堿變性等預處理之后，平鋪在已用電泳緩沖液飽和了的兩張濾紙上，在凝膠上部覆蓋一張硝酸纖維素濾膜，接著加一疊干濾紙，然后再壓蓋一重物。由于干濾紙的吸引作用，凝膠中的單鏈DNA便隨電泳緩沖液一起轉移。這些DNA分子一旦與硝酸纖維素濾膜接觸，便會牢牢地與之結合，而且是嚴格按照它們在凝膠中的譜帶模式，原樣地被吸印到濾膜上。在80℃下烘烤12h，DNA片段就會被穩定地固定在硝酸纖維素濾膜上。然后將此濾膜移放在加有標記探針的溶液中進行核酸雜交，漂洗去游離的沒有雜交上的探針分子，用適當的方式顯色，與溴化乙錠染色的凝膠譜帶作對照比較，便可鑒定出與探針具有同源性的限制片段的大小和位置。
二、應用簡介
技術應用
1、定性及定量分析基因組中特定基因；
2、基因突變分析及限制性片段長度多態性分析。
應用范圍
1.遺傳病診斷：傳統的基因診斷技術主要是以基因探針技術為基礎而建立的一些檢測方法-Southern blot。
2.DNA圖譜分析：a.高度的特異性；b.穩定的遺傳性；c.體細胞穩定性
3.檢測樣品中的DNA及其含量
4.PCR產物分析
三、 實驗方法
四、樣本送檢要求
五、案例展示
六、常見問題
1、針對不同的實驗材料，southern雜交實驗難度有差異么？
答：不同的實驗材料，在進行試驗過程中難度差異很大，例如玉米、小麥、葡萄的Southern雜交檢測難度要比普通的材料要大。
(1)、物種本身的基因組較大（例如小麥），檢測操作難度大
(2)、材料本身含有高糖多酚（例如葡萄）嚴重影響酶切操作
(3)、物種品系復雜（例如玉米），在基因組信息研究層面還不透徹。
2、核酸質量對southern雜交實驗的影響
答：核酸質量對實驗的影響是直接的，既要求客戶提供的總量足夠——實驗消耗（上樣量），又要求保證質量——按要求準備材料。
上樣量指的是基因組DNA酶切消化后，回收后的DNA片段的量。根據不同物種的基因組大小不同，上樣量也有所區別?；蚪M越大，上樣量越多。例如，擬南芥大概需要3ug，酵母3ug，人8ug，小麥15ug。酶切消化之后不能直接上樣，需要回收純化?；厥諘袚p失，最多能損失一半，所以需要客戶提供足夠量的樣品，一般要求至少20 ug的基因組DNA。（以上上樣量均為一個泳道）
DNA樣品一般對OD值和濃度有如下要求：OD260/280=1.8～2.0，OD260/230＞2.0，濃度≥100 ng/ul。同時，需要對DNA樣品進行瓊脂糖凝膠電泳，電泳結果顯示該DNA樣品無蛋白質和RNA等物質污染，無降解彌散，條帶清晰。
3、探針設計是怎么回事，有哪些原則？
答：探針就是與待測目的基因序列同源的一段地高辛標記的DNA序列，可以和酶切后的基因組片段特異性的結合。 探針設計有如下幾個原則:
(1)、長度適中。探針的片段長度一般控制在300-1000bp，探針太長時會導致非特異性結合的概率增加，探針太短時，探針結合的地高辛標記物太少，會導致發光信號減弱。
(2)、特異性強。最佳的探針序列是僅與目的基因同源，與整個基因組序列的同源片段低于30%。
(3)、ATGC含量均勻，無發卡結構和高度重復序列。
4、基因組片段化時使用限制性內切酶是怎么選擇的？
答：(1)、目的基因序列中不能含有該位點
(2)、常用的內切酶，價格優惠、酶切效率高
(3)、預實驗可以把基因組片段化，電泳檢測彌散狀態看不到明顯的主帶。
(4)、根據轉化載體上的酶切位點選擇
5、如何減少非特異的曝光條帶？
我們采用PCR法合成雙鏈的地高辛標記的探針，電泳檢測探針是否標記成功，若條帶單一，且略大于對照組，則認為探針合成成功（如圖3所示）。
此外，和合成探針前，需要在NCBI上比對探針序列，若沒有在待測物種中Blast到高同源性的序列，則認為該探針是特異的。
6、檢測結果陰性有哪些因素造成的？
答：在southern雜交服務中，大概總結為一下幾類原因：
(1)、基因組中目的基因豐度很低，低于southern blot雜交實驗的檢測下限（目的基因的量低于0.1pg）
(2)、在該物種基因組信息不全的狀態下，探針序列特異性很難保證，結果出現大量的非特異性條帶。
(3)、基因組質量達不到要求
(4)、待測樣品的確為陰性
(5)、酶切方案的影響
七、服務流程
病理學檢測
分子生物學檢測
免疫學檢測服務
細胞實驗服務
動物實驗平臺
