技術原理
aqMan探針法核心是探針分子,TaqMan探針是單鏈DNA,5’端偶聯發光基團,3’端偶聯淬滅基團,游離的完整探針是檢測不到熒光信號的,發光基團發出的熒光會被淬滅基團吸收淬滅,探針被水解,發光基團和淬滅基團遠離就可以檢測到熒光信號。反應開始時,模板鏈經熱變性解鏈形成單鏈,TaqMan探針優先跟模板鏈退火,引物隨后退火到模板上,之后進行鏈的延伸,延伸過程中Taq酶發揮5’-3’外切酶活性,遇到探針會從5’端逐個堿基切除探針,發光基團會跟淬滅基團分開,因此熒光檢測系統可以接收到熒光信號,每擴增一條DNA鏈,就有一個熒光分子形成,熒光信號的累積和PCR產物形成是同步的。
TaqMan探針法的特異性除了由引物提供,更由探針分子保證,因其退火溫度更高,所以TaqMan探針法特異性更好,在一個反應體系中加入多條探針,可以做多個基因同時檢測。
實驗方法原理
實時熒光定量PCR技術,是指在PCR反應體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程,最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。
實時熒光定量PCR技術是指在PCR反應體系中加入可與DNA產物特異性結合的熒光基團,利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程,最終通過相對定量或絕對定量的方法確定各個樣本的本底表達量。qPCR檢測常用的兩種方法:染料法和TaqMan探針法。
1.SYBRGreenⅠ法:
在PCR反應體系中,加入過量SYBR熒光染料,SYBR熒光染料特異性地摻入DNA雙鏈后,發射熒光信號,而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發射任何熒光信號,從而保證熒光信號的增加與PCR產物的增加完全同步。
2.TaqMan探針法:
探針完整時,報告基團發射的熒光信號被淬滅基團吸收;PCR擴增時,Taq酶的5’-3’外切酶活性將探針酶切降解,使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離,從而熒光監測系統可接收到熒光信號,即每擴增一條DNA鏈,就有一個熒光分子形成,實現了熒光信號的累積與PCR產物的形成完全同步。
相關應用
1.臨床疾病診斷
各型肝炎、艾滋病、禽流感、結核、性病等傳染病診斷和療效評價;地中海貧血、血友病、性別發育異常、智力低下綜合癥、胎兒畸形等優生優育檢測;腫瘤標志物及瘤基因檢測實現腫瘤病診斷;遺傳基因檢測實現遺傳病診斷。
禽流感、新城疫、口蹄疫、豬瘟、沙門菌、大腸埃希菌、胸膜肺炎放線桿菌、寄生蟲病等、炭疽芽孢桿菌。
食源微生物、食品過敏源、轉基因、乳品企業阪崎腸桿菌等檢測。
醫學、農牧、生物相關分子生物學定量研究。
各級各類醫療機構、大學及研究所、CDC、檢驗檢疫局、獸醫站、食品企業及乳品廠等。
由于qPCR是實時定量檢測致病病原體基因核酸,因此它比化學發光、時間分辨、蛋白芯片等免疫學方法更具獨到優勢。
五、案例展示
六、 常見問題
1) 引物設計
1、序列選取應在基因的保守區段;
2、Taqman探針技術要求片段長度在50bp-150bp;
3、避免引物自身形成環狀發卡結構。避免引物自身或與引物之間形成4個或4個以上連續配對;
4、典型的引物18到24個核苷長。引物需要足夠長,保證序列獨特性,并降低序列存在于非目的序列位點的可能性。但是長度大于24核苷的引物并不意味著更高的特異性,較長的序列可能會與錯誤配對序列雜交,降低了特異性,而且比短序列雜交慢,從而降低了產量。Tm值在55-65℃,GC含量在40%-60%;
5、引物之間的Tm值相差避免超過2°C;
6、引物的3’端避免出現3個或3個以上連續相同的堿基;
7、為避免基因組的擴增,引物設計最好能跨兩個外顯子;
8、探針位置盡可能地靠近上游引物;
9、探針的5'端應避免使用堿基G,引物的3’端避免使用堿基A。探針長度通常在25~35bp,Tm值在65~70°C ,通常比引物Tm高5 ~10°C,GC含量在40%~ 70%;
10、整條探針中,堿基C的含量要明顯高于G的含量;
11、為確保引物探針的特異性,最好將設計好的序列在Blast中核實一次,如果發現有非特異性互補區,建議重新設計引物探針。
2) 熱啟動
熱啟動PCR是除了好的引物設計之外,提高PCR特異性最重要的方法之一。
3) 鎂離子濃度
鎂離子影響PCR的多個方面,如:對DNA聚合酶的活性的影響進而影響產量;對引物退火的影響,進而影響特異性。若dNTP和模板同鎂離子結合,則降低了酶活性所需要的游離鎮離子的量。
4) 模板質量
模板的質量會影響產量。DNA樣品中可能有多種污染物會抑制PCR。
5) 防止殘余污染
1、PCR易受污染的影響,因為它是一種敏感的擴增技術。小量的外源DNA污染可以與目的模板一塊被擴增。當前一次擴增產物用來進行新的擴增反應時,會發生共同來源的污染。這稱之為殘余污染。從其它樣品中純化的DNA或克隆的DNA也會是污染源(非殘余污染)。
2、可以在PCR過程中使用良好的實驗步驟減少殘余污染。為PCR樣品配制和擴增后分析設計隔離的區域,在準備新反應前更換手套??偸鞘褂貌缓心0宓年幮詫φ諜z測污染。使用預先混合的反應成份,而不是每個反應的每個試劑單獨加入。
七、服務流程
病理學檢測
分子生物學檢測
免疫學檢測服務
細胞實驗服務
動物實驗平臺